（一)特色食品资源精深加工与组分变化

我省特色食品资源优势转化为经济优势，必须通过市场进行转换，对我省特色食品资源的原辅材料组分性质、精深加工工艺路线、加工条件和产品包装与储运等进行研究；对食品加工过程中食品组分及功能因子的变化、变化对于加工性能、食品品质及其对人体健康的影响等方面展开研究。

(二）食品质量控制与安全检测

围绕食品加工中病原微生物的变化、食品中各类生物以及化学污染物的产生及控制机制、食品加工、储运和销售过程中的安全性展开研究。

（三）生物酶及生物化工

围绕食品配料与添加剂生物制造过程特点，研究菌种筛选与构建技术、生物化工技术。利用我省特色食品发酵和酿造微生物资源多样性优势，研究刺梨天然野生菌筛选与功能基因鉴定技术；基因工程高效表达技术；围绕酒产业链中的废弃生物质如酒糟、高粱秆和麦秆等，利用生物催化、转化或化学化工方法进行催化转化，提质增效，循环利用。